A limpeza da fossa séptica e do filtro deve ser efetuada a cada ano , de modo que não haja um acúmulo excessivo de lodo no seu interior, pois quando isso acontece, a fossa não consegue dar vazão ao lançamento de esgoto que ocorre, não retendo mais sua parte sólida. Assim, o esgoto in natura é lançado diretamente na rede de coleta sem passar pelo tratamento primário e as canalizações da residência podem ter problemas de entupimento com o refluxo do material acumulado. Isso sem mencionar os danos ao meio ambiente decorrentes do esgoto in natura.